Zalijevanje je jedan od glavnih zadataka upravljanja za bonsai biljke. Zalivanje se čini jednostavnim, ali nije lako zaliti ga baš kako treba. Zalivanje treba vršiti u skladu sa biljnom vrstom, sezonskim promenama, periodom rasta, periodom cvetanja, periodom mirovanja i vremenskim uslovima biljke. Savladavanje vremena i količine navodnjavanja je veoma važno za rast biljaka. Smrt nekih bonsai biljaka direktno je povezana s nepravilnim zalijevanjem.

Osim što opskrbljuje biljke u saksiji vodom i hranjivim tvarima, tlo u saksiji također održava normalno disanje zraka biljaka. Kada zemlja u saksiji ima dovoljno vlage, čestice tla se šire, istiskujući zrak u prazninama između čestica, uzrokujući nedostatak zraka u zemljištu saksije; kada je zemlja u saksiji suva ili relativno suva, čestice tla se skupljaju, zapremina postaje manja, a praznine između čestica se ponovo pojavljuju. Praznine su ispunjene vazduhom.

Kako se tlo mijenja između suvog i vlažnog, zrak u zemljištu u saksiji također kontinuirano cirkulira, omogućavajući korijenu biljke da normalno diše. Nakon svakog zalijevanja, korijenje biljke će u kratkom vremenskom periodu moći tolerirati nedostatak kisika u zemljištu saksije. Međutim, ako je tlo u saksiji duže vrijeme previše vlažno, što rezultira dugotrajnim nedostatkom kisika, to će uzrokovati eroziju korijena i druge bolesti; Ako je tlo dugo vremena suho, iako u tlu saksije ima dovoljno kisika, biljke ne mogu dugo apsorbirati vodu, što je također štetno za rast biljaka pa čak može uzrokovati i uginuće. Stoga, prilikom zalijevanja bonsai biljaka treba se pridržavati principa "ne zalijevajte ih kada su suhe, zalijte ih temeljito".

Nedovoljno zalijevanje i dehidracija biljaka će uzrokovati da grančice uvenu i klonu, a lišće uvene, požuti i opada. U slučaju četinarskih vrsta, iglice će postati mekane i izgubiti jak i bodljikav osjećaj. Kada je nedostatak vode ozbiljan, korteks grančica se skuplja poput naježih kože. Ako naiđete na ovu situaciju ljeti, biljku treba odmah premjestiti na zasjenjeno mjesto. Nakon što temperatura padne, prvo poprskajte lišće vodom, zatim u lonac ulijte malo vode, a nakon jednog sata temeljno sipajte vodu.

Kod jako dehidriranih biljaka pazite da ne zalijevate dovoljno odjednom, jer kada je biljka jako dehidrirana, korteks korijena se smanjio i nalazi se blizu ksilema. Ako se naglo unese velika količina vode, korijenski sistem će se proširiti zbog brzog upijanja vode, uzrokujući pucanje korteksa, što dovodi do uginuća biljke, pa je potreban postepeni proces adaptacije. Nakon što biljke koje imaju ozbiljan nedostatak vode podvrgnu gore navedenom tretmanu, najbolje ih je držati u hladu nekoliko dana, a zatim ih uzgajati na suncu nakon što ojačaju. Međutim, nemojte previše zalijevati. Osim što uzrokuje strmoglavi rast biljaka, što utječe na oblik stabla i ukrasnu vrijednost, prekomjerno zalijevanje također može lako uzrokovati trulež korijena i smrt. Minijaturne saksije za bonsai zahtijevaju manje zemlje, pa je posebno važno zalijevati ih u pravo vrijeme iu pravoj količini.