Zalijevanje je jedan od glavnih zadataka u uzgoju bonsai biljaka. Zalijevanje se čini jednostavnim, ali nije lako zalijevati ih baš kako treba. Zalijevanje treba provoditi u skladu s vrstom biljke, sezonskim promjenama, periodom rasta, periodom cvjetanja, periodom mirovanja i vremenskim uvjetima biljke. Savladavanje vremena i količine zalijevanja vrlo je važno za rast biljaka. Smrt nekih bonsai biljaka direktno je povezana s nepravilnim zalijevanjem.

Pored toga što biljkama u saksijama obezbjeđuje vodu i hranjive tvari, zemlja u saksijama također održava normalno disanje biljaka zrakom. Kada zemlja u saksijama ima dovoljno vlage, čestice zemlje se šire, istiskujući zrak u prazninama između čestica, što uzrokuje nedostatak zraka u zemlji; kada je zemlja u saksijama suha ili relativno suha, čestice zemlje se smanjuju, volumen postaje manji, a praznine između čestica se ponovo pojavljuju. Praznine se pune zrakom.

Kako se stanje tla mijenja između suhog i vlažnog, zrak u zemlji u saksiji također kontinuirano cirkulira, omogućavajući korijenju biljke da normalno diše. Nakon svakog zalijevanja, korijenje biljke će u kratkom vremenskom periodu moći podnijeti nedostatak kisika u zemlji u saksiji. Međutim, ako je zemlja u saksiji previše vlažna duže vrijeme, što rezultira dugoročnim nedostatkom kisika, uzrokovat će eroziju korijena i druge bolesti; ako je zemlja dugo vremena suha, iako u zemlji u saksiji ima dovoljno kisika, biljke ne mogu dugo apsorbirati vodu, što je također štetno za rast biljaka i može čak uzrokovati njihovu smrt. Stoga se prilikom zalijevanja bonsai biljaka treba pridržavati principa "ne zalijevajte ih kada su suhe, zalijte ih temeljno".

Nedovoljno zalijevanje i dehidracija biljaka uzrokovat će venuće i opadanje grančica, a lišće venuće, žutjeti i otpadati. Kod četinarskih vrsta, iglice će postati mekane i izgubiti svoju snažnu i bodljikavu teksturu. Kada je nedostatak vode ozbiljan, korteks grančica se skuplja poput naježenja. Ako se s ovom situacijom suočite ljeti, biljku odmah premjestite na zasjenjeno mjesto. Nakon što temperatura padne, prvo poprskajte lišće vodom, zatim sipajte malo vode u saksiju, a zatim nakon sat vremena temeljito zalijte vodom.

Kod jako dehidriranih biljaka, pazite da ne zalijete dovoljno odjednom, jer kada je biljka jako dehidrirana, kora korijena se skupila i nalazi se blizu ksilema. Ako se iznenada obezbijedi velika količina vode, korijenov sistem će se proširiti zbog brze apsorpcije vode, uzrokujući pucanje kore, što dovodi do uginuća biljke, tako da je potreban postepeni proces prilagođavanja. Nakon što biljke kojima ozbiljno nedostaje vode prođu gore navedeni tretman, najbolje ih je držati u sjeni nekoliko dana, a zatim ih uzgajati na suncu kada ojačaju. Međutim, nemojte previše zalijevati. Osim što uzrokuje strm rast biljaka, što utiče na oblik i ukrasnu vrijednost drveta, prekomjerno zalijevanje također može lako uzrokovati truljenje korijena i smrt. Minijaturne bonsai saksije zahtijevaju manje zemlje, tako da je posebno važno zalijevati ih u pravo vrijeme i u pravoj količini.